南海农商银行的组织架构按照《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国商业银行法》和《农村商业银行管理暂行规定》等有关法律法规的要求实行民主管理，设立股东大会、董事会、监事会和经营管理层，明确"三会一层"职责、权利、义务和议事规则，建立决策、管理、执行和监督相互制衡的制约机制。

    （一）股东大会

    股东大会是南海农商银行的权力机构，由全体股东组成。南海农商银行严格按照《中华人民共和国公司法》、《中华人民共和国商业银行法》和银监会有关规定以及公司章程召开股东大会。股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。

    （二）董事会

    董事会由股东大会、职工代表大会分别按规定程序选举产生的董事组成，对股东大会负责。董事会设董事13名，其中职工担任的董事4名，独立董事3名。董事每届任期3年，可连选连任，但独立董事任职期满后不得再担任独立董事。董事会设董事长1名，董事长为法定代表人。

    董事会下设董事会办公室，作为董事会的日常工作机构。董事会设董事会秘书，负责董事会的日常行政办公事务。

    董事会下设战略委员会、风险管理委员会、审计委员会、关联交易控制委员会和提名与薪酬委员会。

    （三）监事会

    监事会是南海农商银行的监督机构，依照法律法规、公司章程及有关规定履行监督职能，对股东大会负责。职工监事由职工代表大会选举产生，非职工监事由股东大会选举产生。监事会设监事7名，其中，职工担任的监事4名，非职工担任的监事3名。监事会设监事长1名，监事每届任期3年，可连选连任。董事、行长、副行长和财务、信贷部门负责人均不得担任监事。

    监事会下设监事会办公室，作为监事会的日常工作机构。

    监事会下设审计监督委员会和提名委员会。

    （四）经营管理层

     主要负责业务经营，并对董事会负责。南海农商银行设行长1名，副行长若干名。行长由董事长根据有关规定提名，董事会聘任；副行长由行长按有关规定提名，董事会聘任。行长、副行长任期3年，可连选连任，离任时须接受离任审计。

    经营管理层下设信贷审批委员会、内部控制管理委员会、财务管理委员会、不良资产管理委员会、业务创新管理委员会、资金营运委员会、保密委员会和信息科技管理委员会若干专门工作机构。